无个性少年绿谷出久，在获得英雄的个性后，进入英雄科，以成为最棒的英雄为目标。
阴沉的中二少年市川京太郎，渐渐被班级的中心人物山田杏奈吸引，两人笨拙地拉近距离。
高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。